虽然在金融牌照范围涉猎较广，但至今未获得央行颁发的支付牌照始终是携程的“硬伤”。央行行长易纲曾表示，“凡做金融都要牌照，实现监管全覆盖”，虽然携程礼品卡作为一种预付卡，在携程相关商家得到了较为广泛的应用，但这也成为携程被指“违规开展第三方支付行为”的源头。反观新崛起的互联网流量新贵，小米、美团、滴滴、今日头条均有支付牌照。
针对支付牌照问题，携程方面透露，携程集团几年前就已向央行提交了支付牌照，一直在等待批复中。
不过，在强监管背景下，第三方支付牌照的发放骤然收紧，2016年8月，央行明确宣布坚持“总量控制”原则，一段时间内原则上不再批设新机构，并注销长期未实质开展支付业务的支付机构牌照。因此，在过去两年间，支付牌照的收购交易逐渐活跃。
在支付牌照短板上，携程金融应该“收牌”还是“放手”？“收牌”对携程金融利大于弊，携程金融重点发展的仍是金融业务 ，而并非金融科技输出。从过往发展情况来看，携程金融一直在获取牌照方面努力，目前已拥有保险经纪、小贷、消费金融等牌照，利用自身流量与场景方面的展业也能够驾轻就熟。虽然多数互联网金融、传统金融机构已经向金融科技板块延伸，但携程自身金融业务布局未成气候，不具备对外系统输出金融科技的条件；二来携程同业对金融科技并没有非常充足的需求 。因此，不如发挥特长直接“科技输出”。
“携程金融场景优势十分明显，还是应当获取牌照资质，利用好场景优势，让金融充分渗透到自己的生态场景中，打好场景金融。不能跟风，别人上金融科技，他们也上，这个对他们发展不利，但是风控等必需的金融科技是十分值得发展的”。
